1997 में हस्ताक्षरित एक प्रोटोकॉल ने पैट्रिआर्क की अधिकांश गुफाओं का प्रबंधन फ़िलिस्तीनी हाथों में छोड़ दिया, एक ऐसी व्यवस्था जिसके बारे में फ़िलिस्तीनी अधिकारियों का कहना है कि हाल के वर्षों में इज़राइल द्वारा इसे धीरे-धीरे ख़त्म कर दिया गया है।